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心血管医学中心是惠州市第三人民医院重点建设学科和惠州市临床重点专科，也是广东省儿童先天性心脏病定点医疗机构，筹建于2010年10月，现任中心主任为著名心血管病专家肖纯博士。中心下设心血管内科、心胸外科、糖尿病及代谢性疾病专科、心脏重症监护病房、心脏康复中心、心脏诊断中心（含心电图室、心血管彩超室、心脏体外反博治疗室、心血管病实验室）、心导管室等7个部门。中心还与市120、医院急诊科、重症医学科紧密协作，建立了完整、系统而快捷的绿色急救通道。中心采用多专科密切协作下的固定医疗护理小组全程服务的模式，所有重大治疗决策均由中心各专科专家共同讨论决定，从而为患者提供更合理、更安全也更经济的诊疗方案，最大限度地保护患者的利益。
中心拥有一支能吃苦、富有奉献精神的高水平人才队伍，其中博士6名、硕士23余名，教授、主任医师7名，硕士生导师5名，副教授、副主任医（护）师16余名；配备了世界上最先进的西门子数字平板血管造影机（DSA）、德国Stock体外循环机、冠脉内超声仪、GE高端心脏彩超仪和便携式心脏彩超仪、多导心脏电生理记录仪、温控射频消融仪、主动脉内球囊反搏仪、电子胸腔镜、菲利浦运动平板仪和动态心电图仪等一大批高精尖设备。
中心将始终秉承以病人为中心、以人文关怀为出发点的医疗护理思想，并将之贯穿到整个工作中去。我们的理念是将心比心，以心换心，将全程照顾的模式导入医疗护理工作，真正做到尊重生命，关爱生命！我们拥有快速高品质的作业流程、健全的随访制度以及完善的社区医疗护理网络，时刻准备着为您的健康保驾护航！
心血管内科
目前每年完成各种心脏介入手术约2000台次，其中冠脉支架植入手术800余台次，代表冠脉介入最高水平的慢性闭塞病变成功率近90%，左主干分叉病变成功率达100%，居于粤东地区领先水平并达国内先进水平；2011年先后成功独立开展了快速心律失常的射频消融术、先心病封堵术及微创主动脉夹层腔内隔绝术，填补了惠州市该领域的空白；2012年7月，成功独立开展三维标测下复杂心律失常射频消融术，成为省内为数不多掌握该技术的医疗机构之一；自2013年来，成功独立开展心脏再同步化（CRT）治疗及埋藏式心脏自动除颤（ICD）植入，成为惠州市唯一能独立完成该技术的医院。心血管内科与相关部门密切合作，建立起一整套快捷高效的绿色急救系统，5年多时间里共为800余名急性心肌梗死患者实施了急诊PCI手术，成为惠州市主要的急性心肌梗死救援中心，并将继续打造粤东地区最重要的心脏急危重症救援中心；近6年来，参与国家“十二五”重大科技项目一项，成功申报广东省科技厅科研课题4项，惠州市重大科研项目2项，市科技局科研项目15项，是医院创院以来在科研领域的历史性突破，也创造了惠州市医疗机构某专科领域申报科研课题的最好成绩；成功举办国家级医学继续教育项目3项，省级医学继续教育项目8项，市级医学继续教育项目8项，2012年获批惠州市首个心血管内科学硕士研究生培养点。
心胸外科
该科拥有多名能独立开展各种心脏外科手术的专家，也是惠州市唯一拥有外科胸腔镜手术资质的医疗机构。自2012年2月完成我院第一例体外循环直视下心脏手术以来，在随后的1年余时间里完全凭借自身力量独立完成了包括复杂先天性心脏病矫治术和心脏瓣膜置换术在内的各种心脏手术30余台，并于2012年12月成功完成了粤东地区第一台不停跳冠脉搭桥术，在惠州地区引起了强烈反响，标志着我院已跻身粤东地区心脏外科先进行列，也标志着我院整体医疗水平上升到一个新的台阶；2014年5月，心胸外科在惠州市发起“慈爱救心”的大型公益爱心活动，得到了慈善界的热烈响应，在爱心捐款的资金支持下，连续为80余例家庭困难的先天性心脏病患儿进行了手术并全部取得成功，在社会上产生了巨大反响。外科胸腔镜下食道癌根治术、肺部肿瘤切除术、双侧胸交感神经链选择性切断术、肺大疱切除术等各种微创胸科手术是该科的专科特色和主攻方向之一，在惠州地区处于领先水平，并达省内先进水平。
糖尿病及代谢性疾病专科
糖尿病最主要的危害是造成全身大小血管的各种并发症。按传统的医疗模式，糖尿病专家关注的往往是患者的血糖管理，而对各种心血管并发症重视不够，处置办法也不多。而在我院心血管医学中心整体模式下，糖尿病及代谢性疾病专科与心血管内外科密切合作，所有患者都将得到心脑血管的整体评估，从而为患者提供更为系统、更为规范、更为全面的防治措施。该科目前正在建设中的糖尿病足防治中心，采用血糖管理、心血管危险因素防控、心血管介入、外科动脉血管搭桥、创面护理等综合措施，必将大幅减少糖尿病足的截肢率。近4年来，该科在李桂平主任医师的带领下，成功申报广东省科技厅科研课题2项，惠州市科技局科研项目4项；并成功举办省级医学继续教育项目3项，市级医学继续教育项目3项， 2012年获批惠州市首个内分泌学硕士研究生培养点。
心脏重症监护病房
拥有床位17张，是惠州地区最大、最现代化的CCU病房，配备了全套飞利浦高端心电监护设备、主动脉内球囊反搏仪、呼吸机、便携式心脏彩超仪、CRRT等高精尖设备。承担全院危重心血管病、内分泌急重症的救治任务及心血管病介入手术和外科手术后的监护任务。
心脏诊断中心
含心电图室、心血管彩超室、心脏体外反博治疗室和心血管病实验室，配备了全套现代化的尖端设备。承担全院心血管系统的体检任务和心血管病的影像学及实验室诊断任务，并为全院医务人员提供一个重要的科研平台。
心肺康复中心
是惠州市目前唯一开展心脏康复的医疗机构。中心拥有专业的心肺康复医疗团队和目前全球最先进的瑞士进口席勒SCHILER CS200心肺运动测试仪，同时从瑞士、美国、澳大利亚等各国引进了各项顶级的训练器械，提供心肺功能测试、运动训练、健康教育等一系列康复治疗。
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